1885년 4월 5일, 감리교 공식 선교사인 아펜젤러 부부는 제물포항을 통해 우리나라에 들어왔습니다. 이 부부는 서울로 이동하지 않고 약 45일간 제물포에 머물며 선교활동을 했고, 이를 통해 내리교회가 세워졌다고 합니다.

내리교회는 한국 개신교 선교의 발상지로 ‘최초’라는 기록을 많이 보유하고 있습니다. 1892년 설립된 최초의 사립초등교육기관인 영화초등학교, 1895년 건축한 최초의 여성 전용 예배당, 1901년 안수받은 개신교 최초의 목사 김기범, 같은 해 세워진 인천 최초의 서구식 예배당인 웨슬리 예배당, 1954년 헨델의 메시아 전곡 초연, 우리나라 최초로 하와이 이민을 주관하는 등 수 많은 최초의 기록들이 있습니다.

1901년 12월 옛 교회를 허물고 벽돌로 십자형의 새 건물을 지었다가, 1955년에 다시 허물고 다시 지었습니다. 1958년 한 번의 개축 후 현재 모습의 선교 100주년 예배 기념예배당을 완성합니다. 예배당의 종탑이 꽤 높기 때문에 근방 지역 어디에서도 예배당 건물이 잘 보입니다. 최근에는 옛 선조들의 신앙을 본받자는 취지로 허물었던 웨슬리 예배당을 복원하였습니다. 웨슬리 예배당은 하늘에서 내려다보면 십자가 모양을 하고 있어 십자가 예배당으로 부르기도 합니다.